1、簽訂時間不同。三方協議是學生在校期間簽訂的，而勞動合同是在畢業生畢業離校后到單位正式報到后簽訂的。
2、主體不同。三方協議的主體是三方，即學校、畢業生和用人單位;而勞動合同的主體是兩方，即勞動者和用人單位。
3、內容不同。三方協議的主要內容是畢業生如實介紹自身情況，并表示愿意到用人單位就業、用人單位表示愿意接收畢業生，學校同意推薦畢業生并列入就業方案;而勞動合同是記載勞動者和用人單位的權利和義務，是勞動關系確立的法律憑證。
4、目的不同。三方協議是畢業生和用人單位關于將來就業意向的初步約定，是編制畢業生就業方案和將來雙方訂立勞動合同的依據。而勞動合同主要是勞動關系確立后使勞動者和用人單位的合法權益得到應有的保障。
5、適用的法律不同。三方協議的制定、發生爭議后的解決主要依據是《國家關于高校畢業生就業的規定》、《民法典》等，而勞動合同的訂立以及發生爭議后主要是依據《勞動法》和《勞動合同法》來解決。
二、三方協議能約定違約金嗎
三方協議能約定違約金
三方就業協議與勞動合同雖然都是用人單位與勞動者建立勞動關系的意思表示， 但這兩者在適用法律依據上顯然是不同的。勞動合同適用 《勞動法》 以及 《勞動合同法》，而三方就業協議則適用 《民法典》。
三方就業協議之所以可以約定違約金， 原因在于無論是用人單位， 還是畢業生， 在招聘或求職當中都花費了大量的成本。 如果一方肆意違約而不帶懲罰， 這會降低三方就業協議的效用。
三方協議主要是畢業生和用人單位的工作約定，而勞動合同則規定了勞動者對從事的具體工作和福利待遇等權利義務的約定。由于三方協議不受勞動合同法的保障，容易在試用期期間產生勞動糾紛，因此，畢業生簽訂三方協議之時應該格外留心注意。
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